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Die bakteriellen Lebensmittel-Intoxikationen werden ausschliesslich durch Bakterien verursacht, die während ihrer Vermehrung toxische Stoffwechselprodukte bilden. Diese sekretieren sie als sogenannte Exotoxine in ihre Umgebung. Es handelt sich dabei um teilweise hochgiftige, höhermolekulare Proteine und Peptide. Diese haben Antigeneigenschaften, so dass zur Behandlung der Einsatz von Antikörpern möglich ist (Schutzimpfungen, Antitoxine). Ein serologischer Nachweis ist dadurch ebenfalls direkt möglich.
Die toxigenen Schimmelpilze bilden demgegenüber niedermolekulare Mykotoxine, die serologisch nicht nachweisbar sind.
Clostridium perfringens nimmt innerhalb dieser Klassierung eine Art Übergangsstellung zu den nachfolgend noch beschriebenen toxiinfektiösen Bakterien ein. Es werden ebenfalls Exotoxine gebildet, doch geschieht diese erst während der Sporenbildung. Sie werden also erst beim Zerfall der Sporen-Mutterzelle freigesetzt.
Vom technologischen und hygienischen Standpunkt sind in dieser Gruppe die nachfolgend aufgeführten Organismen von besonderer Bedeutung:
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